Comment fonctionne l’arrêt-maladie pour un auto-entrepreneur ?
Auto-entrepreneur et arrêt maladie, quelles sont les règles de fonctionnement ? L’auto-entrepreneur peut tout à fait bénéficier d’indemnités journalières par l’Assurance maladie en cas d’arrêt de travail. En effet, il paye des cotisations sociales auprès de l’URSSAF, ce qui lui ouvre des droits auprès de la CPAM. Cependant, la couverture sociale des micro-entrepreneurs est soumise à plusieurs conditions. C’est pourquoi, chez Wefree, nous avons tenu à vous livrer toutes les modalités de versement des indemnités journalières du travailleur indépendant : des conditions d’indemnisation à la durée maximale de l’arrêt maladie en passant par le calcul et le montant des indemnités journalières.
Les conditions pour bénéficier des indemnités journalières
Pour bénéficier d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, l’auto-entrepreneur doit remplir les 6 conditions suivantes :
- Une affiliation de 12 mois minimum : vous devez justifier d’une inscription de 12 mois minimum au régime obligatoire de la Sécurité sociale au titre de votre activité.
- Un paiement à jour des cotisations sociales : vous devez être à jour du paiement de vos cotisations sociales auprès de l’URSSAF.
- Un revenu annuel moyen supérieur à 4 383,20 € après abattement : ce revenu est calculé sur les 3 dernières années d’activité et représente 10 % du PASS* des trois années précédentes en 2025. Si votre revenu est inférieur à ce seuil, vous ne percevrez pas d’indemnités, exception faite si vous payez une cotisation minimale d’indemnités journalières.
- Une incapacité temporaire de travail : vous devez justifier d’une incapacité de poursuivre ou reprendre une activité pour cause de maladie.
- Un arrêt de travail prescrit par un médecin : votre incapacité temporaire doit être attestée par un arrêt de travail prescrit par votre médecin.
- Une cessation d’activité : vous devez cesser toute activité pendant toute la durée de votre arrêt de travail.
*Le PASS correspond au plafond annuel de la Sécurité sociale fixé chaque année pour servir de base aux calculs des différentes prestations sociales.
💡Bon à savoir : si vous ne répondez pas aux conditions d’accès pour bénéficier d’indemnités journalières, rapprochez-vous de votre CPAM afin de vérifier si vous pouvez prétendre de droits au titre d’une précédente activité.
Les modalités de versement des indemnités journalières
Le délai de carence
Comme pour les salariés, les auto-entrepreneurs sont obligatoirement soumis à un délai de carence entre le début de l’arrêt de travail et le versement des indemnités. Ce délai de carence est fixé à 3 jours, ce qui signifie que vous commencez à être indemnisé qu’à partir du 4ᵉ jour de votre arrêt maladie. Toutefois, il n’a pas de délai de carence à respecter pour les arrêts prescrits en rapport avec des affections de longue durée (ALD) ou des grossesses pathologiques. Un arrêt de travail prescrit par téléconsultation n’ouvre pas droits aux indemnités, car il ne peut dépasser légalement une durée de 3 jours, exception faite s'il a été établi par votre médecin traitant, son remplaçant ou une sage-femme référente.
💡Bon à savoir : en cas d’arrêt maladie de moins de 7 jours, vous ne percevez pas d’indemnités journalières, exception faite pour les hospitalisations.
La durée de versement des indemnités journalières
La durée de versement des indemnités journalières diffère selon que vous êtes affilié au régime général de la Sécurité sociale ou à la CIPAV.
Si vous relevez du régime général, on prend en compte 4 durées d’indemnisation différentes :
- 360 jours en cas d’arrêt-maladie sur une période glissante de 3 ans ;
- 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique sur une période glissante de 3 ans ;
- 3 ans pour les affections ou soins de longue durée ;
- 270 jours pour les travailleurs à mi-temps, sur une période glissante de 4 ans.
Illustrons la notion de période glissante par un exemple concret :
Vous êtes micro-entrepreneur affilié au régime général et vous tombez malade à plusieurs reprises entre 2022 et 2025.
- avril 2022 : arrêt de 60 jours → 60 jours d’indemnisation
- janvier 2023 : arrêt de 90 jours → +90 jours (total = 150)
- septembre 2023 : arrêt de 120 jours → +120 jours (total = 270)
- mai 2024 : arrêt de 80 jours → +80 jours (total = 350)
- mars 2025 : nouvel arrêt de 60 jours
Au moment de l’arrêt de mars 2025, on regarde les 360 derniers jours indemnisés dans les 36 mois précédents, donc entre mars 2022 et mars 2025 :
- Les arrêts d'avril 2022 (60 j), janvier 2023 (90 j), septembre 2023 (120 j) et mai 2024 (80 j) = 350 jours
- Il reste 10 jours indemnisables sur le plafond de 360 sur le nouvel arrêt de mars 2025.
Si vous relevez du régime de la CIPAV, vous bénéficiez d’une durée d’indemnisation de 90 jours réduite par 3 jours de délai de carence, soit 87 jours indemnisés au total.
Le calcul du montant des indemnités journalières
Le montant de votre indemnité journalière est égal à 1/730ᵉ de votre revenu d’activité annuel moyen (RAAM) sur les 3 dernières années. Il s’obtient grâce à la formule de calcul suivante :
Montant des indemnités journalières = 1/730 x RAAM
Le revenu d’activité annuel moyen (RAAM) est obtenu en prenant en compte la moyenne des chiffres d’affaires des trois dernières années civiles après application d’un abattement forfaitaire variable selon les activités :
| Type d’activité | Exemples | Abattement fiscal forfaitaire |
|---|---|---|
| Commerciale (BIC) | Vente de biens, e-commerce, restauration | 71 % |
| Artisanale (BIC) | Coiffure, plomberie, prestations techniques | 50 % |
| Libérale (BNC) | Consultant, graphiste, formateur indépendant | 34 % |
Les règles de calcul sont identiques que vous soyez affilié au régime général ou à la CIPAV. Cependant, le régime a une incidence sur les plafonds des indemnités journalières :
pour le régime général, les IJ sont plafonnées à 63,52 € par jour contre 190,55 € pour la CIPAV.
Illustrons le calcul des IJ par trois exemples concrets :
Cas n°1 : vous êtes micro-entrepreneur affilié au régime général et votre RAAM s’élève à 20 000 €. Le montant de votre indemnité journalière est égal ainsi à 27,39 € (20 000/730). Vous percevez ainsi 27,39 € par jour.
Cas n°2 : vous êtes micro-entrepreneur affilié à la CIPAV et votre RAAM s’élève à 50 000 €. Le montant de votre indemnité journalière est égal à 68,49 € (50 000 € ÷ 730). Toutefois, les IJ sont plafonnées à 190,55 € par jour à la CIPAV. Vous percevrez ainsi bien 68,49 € par jour, car ce montant reste en dessous du plafond.
Cas n°3 : vous êtes micro-entrepreneur affilié au régime général avec un RAAM de 60 000 €, ce qui donne 82,19 € d’indemnités journalières. Le plafond d’IJ au régime général est de 63,52 € par jour en 2025. Vous ne percevrez donc que 63,52 € par jour, malgré un RAAM supérieur.
Comparatif régime général vs Cipav
Régime général ou CIPAV ?
Votre affiliation au régime général de la Sécurité sociale ou à celui de la CIPAV dépend de votre activité professionnelle :
- Commerçants ou artisans : vous relevez de la Sécurité sociale des indépendants (SSI) et par conséquent du régime général.
- Professions libérales : sont rattachées à la CIPAV la majorité des professions libérales réglementées. Pour les professions libérales non réglementées, vous êtes rattaché au régime général si vous avez créé votre auto-entreprise après le 1er janvier 2018 ou à la CIPAV si vous l’avez créé avant le 1ᵉʳ janvier 2018.
- Salariés auto-entrepreneurs : si vous exercez votre activité de micro-entreprise à titre principale, vous serez couvert par l’organisme de rattachement relatif à votre activité. Si vous exercez votre activité entrepreneuriale à titre complémentaire de votre activité salariée, vos revenus salariés seront pris en compte pour le calcul de vos indemnités.
💡Bon à savoir : les auto-entrepreneurs ayant créé leur entreprise avant le 1ᵉʳ janvier 2018 peuvent être rattachés au régime général à condition d’y avoir fait la demande avant le 31 décembre 2023.
Comparatif clair régime général et CIPAV
| Critère | Régime général (SSI) | CIPAV |
|---|---|---|
| Activités concernées | Commerçants, artisans, libéraux non réglementés (créés après 01/01/2018) | Professions libérales réglementées (créées avant 2018 sans transfert) |
| Plafond des IJ (2024) | 63,52 € / jour | 190,55 € / jour |
| Durée maximale d’indemnisation | Jusqu’à 3 ans (ALD/SLD) ou 365 jours sur 3 ans | 87 jours maximum par arrêt (prolongation via prévoyance possible) |
| Complément de prévoyance | Rare / non systématique | Possible selon la caisse à partir du 91e jour |
Focus sur l’alternative du portage salarial
Pour mieux vous protéger en cas d’arrêt maladie au titre de votre activité d’indépendant, vous pouvez opter pour le portage salarial. Cette solution vous permet d’être protégé au même titre qu’un salarié. Avec le portage salarial, le montant de votre indemnité journalière est égal à 50 % de votre salaire journalier moyen des 3 derniers mois.
Pour savoir quelle option choisir selon votre situation, parcourez ce tableau comparatif entre la microentreprise et le portage salarial au titre de l’arrêt maladie :
| Critère | Micro-entreprise | Portage salarial |
|---|---|---|
| Régime de protection | Régime général (SSI) ou Cipav | Régime salarié (CPAM) |
| Calcul des IJ | RAAM ÷ 730 (revenu net moyen sur 3 ans) | 50 % du salaire journalier brut moyen des 3 derniers mois |
| Mutuelle / prévoyance | Non incluse par défaut | Souvent incluse (obligatoire en portage) |
| Délais et démarches | 48 h pour envoyer l’arrêt à la CPAM | L’entreprise de portage transmet l’arrêt à la CPAM |
| Avantages principaux | Statut souple, cotisations faibles | Meilleure couverture, traitement salarié, IJ + mutuelle |
Les démarches pour déclarer et demander un arrêt maladie
Pour bénéficier de vos indemnités journalières, vous devez effectuer quelques démarches obligatoires :
- Transmettre les volets 1 et 2 de votre arrêt de travail dans les 48 h à la CPAM ;
- Conserver le volet 3 ou le transmettre à France Travail si vous êtes bénéficiaire de l’ATI (allocation des travailleurs indépendants) ;
- Respecter vos heures de présence obligatoire à votre domicile.
💡Bon à savoir : vous avez la possibilité de demander à votre médecin traitant de déposer l’arrêt de travail à votre place via le service de télétransmission des arrêts de travail.
Nos conseils pratiques en cas d’arrêt maladie
Pour sécuriser votre activité de micro-entrepreneur en cas d’arrêt-maladie, gardez bien en tête les 3 conseils suivants :
- Souscrire à un contrat prévoyance : pour compléter la protection offerte par l’Assurance maladie, envisagez la prévoyance pour compenser votre baisse de chiffre d’affaires.
- Anticiper vos éventuelles périodes d’inactivité : pour mieux prévenir les risques de creux d’activité, pensez à épargner régulièrement. Prévenez rapidement vos clients de votre absence pour marquer votre professionnalisme et maximiser vos chances de récupérer vos missions à la fin de votre arrêt.
- Cesser complètement votre activité : il est vivement recommandé de ne pas chercher à tout prix à poursuivre votre activité en cas d’arrêt de travail au risque de vous épuiser ou de faire l’objet d’un contrôle inopiné.
L’essentiel de l’article résumé en 5 points
Vous connaissez à présent les principales règles relatives à l’auto-entrepreneur et l’arrêt maladie. On vous les rappelle tout de suite :
- Les conditions pour bénéficier des IJ : être affilié pendant 12 mois minimum à la Sécurité sociale, justifier d’un revenu annuel supérieur à 4 383,20 € et d’une incapacité de travail temporaire.
- La durée de versement des IJ : elle est de 360 jours ou 90 jours pour un temps partiel thérapeutique sur une période glissante de 3 ans en cas d’affiliation au régime général. Pour la CIPAV, elle est de 87 jours.
- Le calcul des IJ : le montant des indemnités journalières est égal à 1/730ᵉ du revenu d’activité annuel moyen des 3 dernières années, plafonnées à 63,52 € pour le régime général et à 190,55 € pour la CIPAV.
- Les démarches pour bénéficier des IJ : vous devez transmettre le volet 1 et 2 de votre arrêt de travail à votre CPAM dans un délai de 48 heures et conserver le volet 3.
- Les conseils clé pour compléter vos IJ : pensez à souscrire un contrat prévoyance ou prévoyez une petite épargne pour sécuriser votre activité.
Pour exercer encore plus sereinement votre activité de travailleur indépendant, jetez un œil à nos missions en freelance !
